La Facultad de Microbiología está compuesta por 3 departamentos:

1. Parasitología
2. Análisis Clínicos
3. Microbiología e Inmunología.

Cuenta con catorce secciones y dos unidades:servicios de laboratorio y administrativa.

Asimismo, a la Facultad la conforman catorce comisiones, un instituto de investigación adscrito y dos centros de investigación asociados.