La Facultad de Microbiología posee una amplia tradición de investigación científica, actividad que se constituyó en uno de sus pilares desde sus orígenes. La actividad investigativa de los docentes se enfoca en problemas muy diversos en el campo de la Salud, tanto de naturaleza básica como aplicada. Las investigaciones son apoyadas por la Vicerrectoría de Investigación de la Universidad, así como por agencias nacionales e internacionales de cooperación científica y académica.
Centro de Investigación en Enfermedades Tropicales (CIET)
La Facultad es la sede del Centro de Investigación en Enfermedades Tropicales (CIET), cuyos investigadores realizan estudios especializados sobre importantes patologías que afectan a nuestra sociedad, causadas por distintos tipos de agentes infecciosos (parásitos, bacterias, hongos y virus). Asimismo, se realizan investigaciones en el campo de la microbiología de alimentos y de aguas.
Centro de Investigación en Hemoglobinas Anormales y Trastornos Afines (CIHATA)
Es un importante núcleo de investigación científica en el campo de la Hematología, avocado a la caracterización de enfermedades que afectan a los glóbulos rojos y otros componentes sanguíneos, en nuestra población.
Instituto Clodomiro Picado (ICP)
También está adscrito a la Facultad el Instituo Clodomiro Picado (ICP), con sede en Dulce Nombre de Coronado, cuyos investigadores estudian los aspectos bioquímicos, inmunológicos y farmacológicos de los venenos y toxinas de las serpientes de mayor importancia en el país y el continente americano. Además, el Instituto produce los antivenenos (o sueros antiofídicos) utilizados en la terapia del envenenamiento por serpientes en toda la región centroamericana.